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Consanguinité

Le suivi de la consanguinité est essentiel pour maintenir la diversité génétique et la vitalité de vos colonies. BeePass calcule le coefficient de consanguinité à partir du pedigree et vous aide à prendre des décisions d'accouplement éclairées.

Coefficient de consanguinité​

Le coefficient de consanguinité (F) mesure la probabilité que les deux allèles d'un gène chez un individu soient identiques par descendance (proviennent du même ancêtre). Il est calculé à partir de la matrice A⁻¹ (matrice inverse des relations génétiques additives).

BeePass utilise le package AINV-honeybees v20, qui implémente l'algorithme de Brascamp & Bijma (2014) spécifiquement conçu pour les abeilles.

Spécificité abeilles​

Le calcul de la consanguinité chez l'abeille est fondamentalement différent des mammifères :

  • Haplo-diploïdie — Les faux-bourdons (mâles) sont haploïdes : ils ne possèdent qu'un seul jeu de chromosomes, hérité intégralement de leur mère. Les formules classiques de consanguinité (Wright, 1922) ne s'appliquent pas directement.
  • Polyandrie — La reine s'accouple avec 10 à 20 faux-bourdons. Les ouvrières d'une même colonie sont un mélange de demi-soeurs et de super-soeurs (même père drone).
  • Allèles sexuels (CSD) — Chez l'abeille, le sexe est déterminé par le locus CSD. Si les deux allèles sont identiques (homozygotie), la larve est un mâle diploïde, éliminé par les ouvrières. Une consanguinité élevée augmente la proportion de ces mâles diploïdes stériles.
AINV-honeybees v20

BeePass utilise AINV-honeybees v20 (Brascamp & Bijma, 2014), un module dédié au calcul de la matrice de parenté inverse pour les abeilles. Ce module prend en compte la haplo-diploïdie et la polyandrie dans le calcul des coefficients.

Interprétation​

Coefficient FSignificationRelation typique
0 %Aucun ancêtre commun connuLignées non apparentées
6,25 %Ancêtres communs éloignésDemi-frères/soeurs
12,5 %Ancêtres communs prochesCousins germains
25 %Parenté forteParent-descendant

Objectif : maintenir le coefficient de consanguinité en dessous de 10 % dans votre programme de sélection.

Éviter la consanguinité​

Plusieurs stratégies permettent de limiter la consanguinité :

  1. Diversifier les groupes de mâles — Utilisez des faux-bourdons issus de lignées non apparentées à vos reines.
  2. Varier les sources de drones — Échangez des reines mères de mâles avec d'autres éleveurs.
  3. Consulter le pedigree — Avant chaque décision d'accouplement, vérifiez l'arbre généalogique sur 5 à 7 générations pour détecter les ancêtres communs.
  4. Utiliser l'Index BeePass — Comparez les pedigrees des reines de référence pour identifier des lignées complémentaires.
Consanguinité élevée

Une consanguinité supérieure à 12,5 % entraîne une dépression de consanguinité : baisse de la vitalité des colonies, réduction de la résistance aux maladies, augmentation des mâles diploïdes (non viables) et diminution du succès reproductif.

Comment BeePass calcule la consanguinité​

BeePass utilise le package AINV-honeybees v20, qui implémente l'algorithme de Brascamp & Bijma (2014) spécifiquement conçu pour l'haplo-diploïdie des abeilles.

Le calcul se déroule automatiquement en plusieurs étapes :

  1. Construction du pédigrée -- BeePass lit l'arbre généalogique de chaque reine (mère, groupe de mâles, grands-parents) à partir des données enregistrées.
  2. Calcul de la matrice A-1 -- La matrice inverse des relations génétiques additives est construite. Elle encode les liens de parenté entre toutes les reines de votre cheptel.
  3. Gestion SDI et MDI -- L'algorithme distingue les inséminations par un seul mâle (SDI, sdi_code = 1) et par plusieurs mâles (MDI, sdi_code = 2). Les coefficients de parenté sont ajustés en conséquence.
  4. Fondatrices -- Les reines sans parents connus (fondatrices) sont traitées comme non apparentées entre elles. Cela évite de surestimer la consanguinité lorsque le pédigrée est incomplet.
  5. Ajustement des EBV -- Les valeurs génétiques estimées sont automatiquement corrigées pour tenir compte du niveau de consanguinité de chaque individu.
astuce

Vous n'avez rien à calculer -- BeePass le fait automatiquement à partir de votre pédigrée. Assurez-vous simplement que les informations de filiation (mère, groupe de mâles) sont correctement renseignées pour chaque reine.

Voir aussi :